La présence du PNUD au Burundi est définie par un accord de base avec le gouvernement du Burundi qui énonce les conditions fondamentales dans lesquelles le PNUD appuiera celui-ci dans la mise en œuvre de ses projets de développement (voir ci-dessous le document Accord de base PNUD-Burundi en anglais et français).

Les priorités stratégiques sont quant à elle définies par le Plan cadre des Nations Unies pour l'Aide au développement (PNUAD) ou plus communément appelé UNDAF selon son sigle en anglais (voir également ci-dessous). Il  est adopté par toutes les agences des Nations Unies, ainsi que par le gouvernement du Burundi. Le Plan cadre a été reconduit pour la période 2019-2023. Le Gouvernement et le Système des Nations Unies (SNU) au Burundi ont conjointement convenu des priorités du nouveau Plan cadre prenant en compte ses avantages comparatifs et l’Agenda de développement 2030 (Objectifs de développement durable). L’UNDAF traduit un profond souci d’inclusion - « ne laisser personne de côté », et vise à éliminer la pauvreté sous toutes ses formes.

« L’UNDAF constitue une réponse collective et stratégique des agences des Nations Unies pour contribuer aux priorités nationales liées à la réalisation des ODDs en vue de l’atteinte de l’Agenda 2030. Il est en effet le principal outil d’intégration stratégique et de réponse des Nations Unies aux priorités du pays », a déclaré le Dr Garry Conille, Coordinateur résident du Système des Nations Unies au Burundi.