La prise de décision au sein du PNUD est guidée par un processus de consultation continue avec les différents acteurs du Gouvernement. Les décisions du PNUD par rapport aux priorités programmatiques, aux financements directs et indirects ainsi qu'à la mobilisation des ressources se font en étroite consultation avec les instances gouvernementales du Tchad.

Une fois les programmes développés, le PNUD consulte les bailleurs de fonds, les partenaires techniques et le gouvernement. Ces programmes sont systématiquement suivis par leurs comités de pilotages respectifs. Afin de réduire la multiplication des réunions, tous les projets avec un partenaire gouvernemental sont gérés par un seul comité de pilotage. La Représentante Résidente (RR) est responsable des activités et programmes du PNUD dans le pays. Elle est appuyée dans ses tâches par le Représentant Résident Adjoint au Programme et Représentant Résident Adjoint aux Opérations.

Les chefs des unités de programmes sont chargés de superviser et soutenir les Coordonnateurs de projet dans les domaines d’intervention du bureau. La plupart des projets appuyés au niveau national par le PNUD sont mis en œuvre selon la modalité nationale (NEX Execution).  Ils sont dirigés par les Directeurs Nationaux de projet qui sont fonctionnaires du gouvernement au sein du Ministère concerné et appuyés au plan opérationnel par les Coordonnateurs de projet.

La mise en œuvre du Programme de Pays 2019-2023 se fait en étroite collaboration avec les autres agences du Système des Nations Unies (SNU), les autres partenaires au développement, les institutions publiques, le secteur privé et les Organisations de la Société civile (OSC) selon les domaines de concentration, la nature des interventions et les résultats attendus.