La présence du PNUD à Madagascar est définie par un accord de base avec le gouvernement de Madagascar qui énonce les conditions fondamentales dans lesquelles le PNUD appuiera celui-ci dans la mise en œuvre de ses projets de développement (Document Accord de base de 1992). Les interventions du PNUD Madagascar s’alignent également sur la déclaration de Politique Générale de l’Etat (PGE).

Les priorités stratégiques sont, quant à elles, définies par le Plan Cadre des Nations Unies pour l'Aide au Développement intérimaire (communément appelé UNDAF) qui est ajusté au Plan National pour le Développement afin d'aboutir au Plan d'action du programme pays (CPAP) ou un document de programme pays (CPD)

Débuté en novembre 2014, ce CPAP a été signé par le Gouvernement de Madagascar et le PNUD le 24 février 2015 et constitue le cadre principal de partenariat du PNUD et du gouvernement de Madagascar pour 2015-2019 qui a été étendu jusqu'en 2020.

Le Document de Programme Pays du PNUD pour Madagascar 2021 - 2023 est le cadre de référence des interventions du PNUD dans les domaines de la gouvernance, de la croissance inclusive et du renforcement de la résilience pour la période définie.

Le PNUD Madagascar est à la dernière année de son cycle de programmation et procède actuellement au processus d’élaboration du nouveau cycle (CPD) couvrant la période 2024-2028. Le travail sur la formulation de la théorie de changement pour le nouveau CPD a été réalisé la semaine du 17 au 21 avril 2023.